Ngày 10/12/1945, thành lập Chiến khu 8 và Chiến khu 9.
Chiến khu 8 gồm các tỉnh: Tân An, Gò Công, Mỹ Tho, Bến Tre và Sa Đéc.
Chiến khu 9 gồm các tỉnh: Cần Thơ, Sóc Trăng, Rạch Giá, Hà Tiên, Bạc Liêu, Long Xuyên, Châu Đốc, Vĩnh Long và Trà Vinh.
Năm 1946, hai tỉnh Vĩnh Long và Trà Vinh giao lại cho Chiến khu 8.
Cuối năm 1947 hai tỉnh Long Xuyên, Châu Đốc nhập lại rồi chia thành hai tỉnh mới là Long Châu Tiền và Long Châu Hậu (lấy sông Hậu làm ranh giới hai tỉnh). Long Châu Tiền thuộc Khu 8, Long Châu Hậu thuộc Khu 9.
Tháng 12/1950, tỉnh Hà Tiên nhập vào Long Châu Hậu, lấy tên tỉnh là Long Châu Hà thuộc Khu 9.
Cuối năm 1961 đầu năm 1962, Quân khu 8 (còn gọi là Quân khu 2) và Quân khu 9 (còn gọi là Quân khu 3) được thành lập trở lại.
Quân khu 8 gồm các tỉnh: Tân An, Mỹ Tho, Gò Công, Long Xuyên, Châu Đốc, Sa Đéc và Bến Tre.
Quân khu 9 gồm các tỉnh: Vĩnh Long, Trà Vinh, Cần Thơ, Sóc Trăng (thêm một phần tỉnh Bạc Liêu), Rạch Giá, Cà Mau (gồm một phần tỉnh Bạc Liêu) và Hà Tiên.
Năm 1969 thành lập tỉnh Châu Hà, gồm tỉnh Hà Tiên và phần đất phía Nam sông Hậu của tỉnh Châu Đốc.
Cuối năm 1974 tỉnh Châu Hà đổi thành tỉnh Long Châu Hà, thêm phần đất phía Nam sông Hậu của tỉnh Long Xuyên.
Giữa năm 1972, thị xã Cần Thơ được nâng cấp lên thành phố trực thuộc khu 9.
Cuối năm 1973, Quân khu 9 thành lập lại tỉnh Bạc Liêu.
Cuối năm 1975, hai Quân khu 8 và 9 trong chiến tranh được sáp nhập lại thành Quân khu 9, gồm 9 tỉnh đồng bằng sông Cửu Long: Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, Cửu Long, Hậu Giang, An Giang, Kiên Giang, Minh Hải
Tháng 12/1991, tỉnh Cửu Long tách ra thành 2 tỉnh Vĩnh Long và Trà Vinh; tỉnh Hậu Giang tách ra thành tỉnh Cần Thơ và Sóc Trăng
Tháng 12/1996, tỉnh Minh Hải tách ra thành tỉnh Cà Mau và Bạc Liêu (bắt đầu hoạt động từ năm 1997).
Tháng 12/2003 tỉnh Cần Thơ tách ra thành thành phố Cần Thơ (trực thuộc Trung ương) và tỉnh Hậu Giang (bắt đầu hoạt động từ năm 2004).
Đến nay địa bàn Quân khu 9 có 12 tỉnh, thành phố (riêng Cần Thơ là thành phố trực thuộc Trung ương) là: Tiền Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, An Giang, Kiên Giang và thành phố Cần Thơ - nghĩa là vùng Tây Nam Bộ.
